化学是什么?-第9章 化学是自然科学的探索者(1)

发布时间:2022-06-03   来源:北达燕园微构分析测试中心

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上一篇文章回顾:第8章 化学是美好生活的创建者(2)



第9章化学是自然科学的探索者


9.1 开拓新创意和新思想

在创建未来美好的社会时,要着眼于社会的可持续发展,要开展高新技术的研究,发展新兴产业,提高社会生产力,不断地改善人民大众的生活质量。当今前沿科技领域的热点和未来发展的方向,对能源、信息技术、生物技术、先进材料、农业、生态环境、资源利用以及人民大众的健康等各个领域,都存在许多挑战和机遇,待有重大的发明创新,都可建立起新兴产业。由于化学是深入到原子和分子水平,研究各类物质组成、制备、结构、性质和相互作用的科学,在开展创新研究和建立新产业过程中,处处都离不开化学的支撑,即需要化学的基础理论和规律作指导,以各种化学分析方法所得结果为依据,利用化学合成的各种化合物和材料作为物质基础,突破难关,取得实效,开拓出具有新创意和新思想的新学科。

发现新的化学反应、新的化学试剂、新的化学方法和新的化学理论去合成新的化合物和新的材料,以求满足人们的新需求,始终是未来化学的基本内容。


在五彩缤纷的世界中,各种动植物都有其生长规律和外貌特征。对它们的研究会不断发现新的天然产物及其特殊功能。在8.2节中所述的维生素类化合物的发现、发展和合成以提供给人类生活需求的过程就是生动的实例。未来的化学对研究一类化合物的功能、结构、合成生产和应用测试将会层出不穷。在了解某一种化合物的功能和结构以后,不论多么复杂的化合物都可以分解为若干基本反应,如加成反应、重排反应等,每个基本反应均有其特殊的反应功能。合成时可以设计和选择不同的起始原料,用不同的基本合成反应获得同一种化合物。通过起始原料是否易得,合成的反应步骤是否简单易行,产率是否较高,产品中存在不同的异构体时,所需要的异构体是否易得,不需要的有害异构体是否容易清除等问题进行对比,选择最合理、最经济的合成路线进行生产。


化学的创造性不仅能从自然界存在的化合物中得到启示、进行研究和人工合成出天然已产生的物质,而且能够根据人们的需要创造出自然界原本不存在的物质。有些人工合成的化合物可以更深入地研究它的性能,并置换分子中的某些基团,获得成千上万种衍生物,从中选出最能满足人们需要的化合物。下面以增雨剂和消雷剂为例,阐明化学和气象学、物理学等一起,共同解决实际问题。


2008年8月8日晚,奥运会在北京开幕,估计全世界有十多亿人观看开幕盛典。根据天气预测,当晚奥运会开幕式所在的场馆及放焰火的区域下雨的可能性很大。下雨将严重影响开幕盛典的表演和观赏效果。怎样调整下雨地点,使它不落在北京市区?气象台根据雨云是从西方飘移向市区的情况,在北京市西边布置了高射炮阵地,于当晚向天空云层发射增雨炮弹,使雨水落在西边地区,北京市区没有下雨。开幕式的焰火及鸟巢中的庆典仪式没有受到影响,气象工作人员作出了重大贡献。其实,调整下雨地点的尚方宝剑——增雨炮弹的增雨剂是化学家配制的,功劳也有化学家一份。


增雨剂是由碘化银和尿素等类吸水性很强的化合物微粒组成,当炸弹在云层内炸开,微粒撒向云层,将云层中的小水滴和水分子吸在一起,聚集长大,成为雨滴降落大地。


利用增雨剂调整下雨地点既可防雨也可抗旱,减轻自然灾害。为此气象学家要准确预测天气情况,选择散布增雨剂的地点,另外增雨剂的散布方式最好采用小型无人驾驶飞行器,飞入云层直接喷撒,这就要求化学家配制出吸水性强、安全无害、资源丰富、成本低廉、颗粒细小均匀的增雨剂。


同样,消除雷电是摆在物理学家和化学家面前的具有重大理论意义和现实意义的研究课题。探究大气中相距不远的云团为什么会带有数量巨大、性质不同的电荷,了解云团中水滴在飘移过程中所发生的变化和性能,配制高效的消雷剂等都是化学要研究的内容。


9.2 揭开生命的奥秘

9.2.1 化学对生命的认识
化学主要是在原子和分子水平上研究物质相互作用和变化的规律,以及研究物质的结构和性能之间的相互关系。现已知道,生物体中的各种生命过程都和化学变化密切相关,简单的酸碱中和反应、复杂的酶的催化作用都是化学反应在特定条件下的一种生理过程。迄今,化学在探究生命过程中的许多问题上已作出了重要的贡献。早在20世纪初,化学家已开始研究糖类、维生素、血红素、叶绿素等的化学结构。此后逐渐认识生命物质由蛋白质、核酸、糖类、脂类等有机物和水及无机盐组成,各种组分在生命过程中都有其特定的功能。蛋白质构成生物体中的各种器官,也是构成促进体内生化反应的酶催化剂;核酸是遗传的主要物质基础;糖是生命活动的主要能源;脂类主要起着供能和保温作用,也是组成细胞膜的主要成分;水起着溶剂作用并参与形成各种生命物质。上述各种物质能结合成具有生命的特性,各种次级键,特别是氢键在其中起着关键的作用。

糖类、蛋白质和核酸等生物大分子的序列分析研究已取得很大成果,但如何进行微量、快速的序列分析仍有待进一步深入。在上述基础上开展合成和应用的研究,包括合成方法、模拟和改造天然活性肽、创造具有新功能的蛋白质分子、合成具有特殊生物功能的寡糖、合成指定结构的核苷酸、合成生物体中含量很低而活性很强的核酸和多肽以及研究其结构和应用,将是未来化学在生命科学领域的重要内容。


生物体从诞生、成长、繁殖到衰亡的整个生理过程,实质上都和化学反应密切相关。这些过程在生物体中由各种各样的生物膜包围成一个个大小不同的细胞和器官,它们就是不同的化学反应器,在其中进行着非常复杂而又相互配合得很和谐的化学反应。这些膜和多种多样的化学反应过程,有它们的共性,但不同的个体和反应条件的不同又有它们的特殊性,阐明这些反应在各种条件下进行的机理,其内容浩如大海,有待未来的化学家去研究。

从另外一个角度出发,探讨一种化学物质在生物体的各个器官中的生理活动以及在不同条件下的功能和性质,也是化学家需要研究的课题。1992年一氧化氮(NO)分子成为该年度的化学明星分子就是一例。

一氧化氮是化学家早已熟悉的一个小分子,直到20世纪80年代末才发现它在多种生化过程中起着关键作用。它具有神奇的生理调节功能,对心血管调节、神经和免疫调节等有着十分重要的作用:
(1)刺激血管平滑肌起舒张血管作用,可以降低血压。长期以来人们用硝酸甘油酯类血管扩张剂来治疗心绞痛和心力衰竭,通过研究发现,这是因为硝酸甘油酯在生理条件下发生变化生成一氧化氮,从而刺激血管平滑肌而使血管扩张。
(2)在神经系统中起传递信息物质的作用。NO可用于治疗泌尿生殖系统疾病。NO不需要通过任何中介机制,快速扩散透过生物膜,将一个细胞产生的信息传递到它周围的细胞中。NO还具备传递性兴奋信息和帮助大脑记忆等功能。
(3)杀灭细菌,增强免疫功能。当细菌入侵人体时,体内的一氧化氮合成酶就会促使L-精氨酸分解生成NO来杀灭细菌。研究表明,NO具抗炎和促进炎症产生的双重作用。微量的NO可以灭菌,但浓度大时也可以引起炎症。NO浓度的变化与肌体的生理功能紧密相关,许多疾病包括癌变和动脉硬化等,可能是NO的释放或调节不正常引起的。


一氧化氮的许多功能已被确证,发现NO具有上述功能的科学家于1998年获得诺贝尔生理学或医学奖。但是,科学家们对NO的生物化学特性仍然知之甚少,对它的作用机制仍需继续深入研究。

一氧化氮是一个组成最简单的双原子分子之一。由2个NO分子组成的(NO)2二聚分子,在气相中利用电子衍射法测定得到的结构如下所示:


间的距离为224 pm,2个的键长为115pm,按照N原子为三价,O原子为二价,(NO)2分子中的之间应当是共价单键,可是实验测定的距离224 pm比N—N共价单键值150 pm大得多。为什么这么简单的一个(NO)2二聚分子中两个N原子不进一步接近一点,形成较强的N—N共价单键,而是保持这么大的距离,只能形成次级键呢?迄今化学家对此还没有给出一个公认合理的答案。


许多学者认为21世纪是生命科学的世纪。可以肯定地预见到,未来的化学将会更加着重于对生命科学的研究。化学和生物学将更密切地融合在一起。未来化学在对生命过程的研究中,应当思考下列三个方面的问题:(1)前辈化学家是依靠什么取得了巨大的成绩和贡献,现在应当怎样继承和发展前辈化学家的探索精神和思路?(2)化学发展到今天的水平,对研究复杂的生命过程,正碰上了“用牛刀宰牛”的好时机,应怎样发挥化学家的所长?(3)在生命科学的汪洋大海中,怎样找到准确的切入点,突破其中的关键?


9.2.2 “化学是什么”和“生命是什么”的关联
1943年,薛定谔的著作《生命是什么——活细胞的物理学观》出版,他对生命本质问题作了深入思考,提出生命细胞最基本的成分——染色体结构是非周期性有序物质。在薛定谔的启发下,1953年J.沃森和F.克里克发表了DNA的双螺旋结构,如本书3.4.5节所述。DNA螺旋轴上的碱基排列遵循碱基间生成氢键互补配对,相互连接。即腺嘌呤(A)和胸腺嘧啶(T)、鸟嘌呤(G)和胞嘧啶(C)四种碱基分别在DNA长链中按照的氢键结合形式配对,这使双螺旋链中一条链上的顺序决定另一条链上的顺序,形成互补的对称性。这种双链内部两条链之间的氢键结合决定了生物体遗传信息的传递。


氢键比共价键弱,当螺旋双链受周围环境影响分裂成两条独立的单链,分离的两条单链上的碱基会分别在周围环境中寻找能配对的碱基,仍按的结合形式互补配对,分别形成两条DNA双链,它们的排列次序和原来的双链螺旋结构相同。这种双链分离后,两条单链重新寻找相应的碱基结合成两条相同双链的化学反应,在生物体内延续进行,成为生物体中上一代的结构和性能传递给下一代的遗传作用的基础。正如我国民间的顺口溜中所说:“龙生龙,凤生凤,老鼠生来会打洞。”


基因是具有遗传效应的DNA片段,每个基因平均大约由1万个碱基对组成。基因通过上述复制方式传递遗传信息。基因是掌控遗传的因子,在染色体中有确定的位置。DNA的结构帮助人们了解碱基对如何组成基因,每个基因的功能、基因如何相互影响以及控制人的生命过程。2005年生物化学家已完成人体细胞核染色体的DNA中31.647亿个碱基对的排列顺序,确定染色体上基因的分布,得到人体基因的遗传信息。

生物化学和分子生物学名义上分属化学和生物学两个学科,但在学科内容的实质上并没有差别。人体中每一秒都进行成千上万种各式各样的化学反应:使得一些化合物发生分解,而另一些化合物被合成,通过这些化学反应释放出能量,使原有化合物转化成新化合物。正是这种不停顿的化学反应信息,转变为生物体中不停地进行着的生物活动的信息。

人类DNA双链非常长,约有31亿多个碱基对,依靠这些碱基对在DNA双链中的排列次序以及所形成的基因,控制着人体中不断进行着的生物化学反应。首先生成人体所需的20种氨基酸,接着依靠这些氨基酸的缩合反应生成人体各个器官所需的蛋白质。DNA中碱基对的连接次序的信息,进一步调控蛋白质之间、基因之间以及蛋白质和基因之间的关系,使它发育成细胞,再组织成器官。

在世代遗传过程中,生物体的遗传信息即基因既保持高度的稳定性,同时又会产生突变,出现进化。

信息是客观世界一切事物变化及其特征的反映,是事物之间相互联系的表征。化学信息不是物质,也不是能量,但是信息-物质-能量三者鼎立地存在、相互制约地联系在一起。化学信息指明化学物质在一定条件下发生化学反应,使原子间的化学键沿着特定的化学反应途径变化,出现新的结构和功能的化合物。信息是化学科学的重要内容。例如,一个成年人体重为60千克,他的DNA大约为6×10-12克。DNA只占人体重量的亿亿分之一。


6×10-12 g/(60×1000 g)=10-16


DNA的含量如此之少,在生命过程中由它引起的能量变化微乎其微,但它却包含着生命的发育和成长的全部信息,成为生物体出现各种活动和演变的源头。遗传是生物体的一种最重要的本质特性,没有遗传就没有生命,遗传的实质就是信息的传递作用。


可以预见,由分子生物学、物理学、数学和化学等学科共同推进并建立起生命物质的信息科学,在未来的生命科学和化学的发展中,将会起着关键的作用,成为主流的研究方向之一。


2015年底,由中国科学技术协会主办的点赞2015中国科学传播大会上,笔者被邀请发言。在这次发言的内容中,有一段笔者以自己身体为例,将化学和生物学联系起来:


我常把自己的身体看作一个非常复杂的生物化学反应器:65千克的体重,若近似地按其中包含的主要元素氢、氧、碳、氮等原子,估算它的加权平均原子量为6.5,我的身体中原子数目为1万摩[尔],即是由6000亿亿亿个原子组成的反应器。它经历了85年的运转,至今还基本正常,两个月前的体检报告表明,几十项的检查结果的数据都在正常范围,没有出现一个偏高或偏低的小箭头。分析其原因,是我得益于毕生从事化学教学和科研工作。首先,我以化学的科学原理指导我日常的生活,例如,我一生从小到老没有抽过一支烟。其次,了解人的精神状态会影响人体激素等化学物质的分泌。我对日常生活中碰到的困难和问题,能够以坦荡的心态去处理,好的心态维护着健康的身体。我60岁生日时,好友们送给我一幅诗画,诗的最后两句是“生涯坦荡东风里,三千桃李一家春”,我常以此勉励自己。第三,药物化学的发展为我们提供保健治病的良药,我每天吃一小片降压药,我的血压就能保持在正常的状态。化学科学使我这个65千克的生物化学反应器至今仍能不停地正常运转。化学是自然科学的基础学科,它是和数学、物理学、生物学等一起,共同探讨原子和分子领域的科学。


9.2.3 测定细胞中蛋白质的原位结构

生命的基本单位是细胞,它由蛋白质及其复合物以及水、盐等许多生命分子组成。细胞是很复杂的单位,在实际存在的环境中,生命分子的结构怎么样?它是怎样在生活过程中变化的?


X射线晶体衍射技术和核磁共振波谱(NMR)法,测定了大量蛋白质及其复合物(包括蛋白质-蛋白质复合物、蛋白质-核酸复合物)等生命分子的三维空间结构。在测定结构时,先从细胞中取出蛋白质和核酸分子,将它们结合成复合体再测定,所得的结构称为离体蛋白质和复合物的结构,根据结构推测它们在细胞中的功能。


冷冻电子显微镜技术是新发展的一种方法,将在溶液中的细胞样品用液氮快速冷冻形成非常薄的玻璃态冰层,细胞样品保持原来状态。由于冷却快速,溶液冻成无序的冰层,细胞中的生物分子处于原始的结构状态,从电镜照片上实际看到的是一个三维物体的二维投影图,这时通过数学方法,将多张倾角略有不同的照片结合起来,显示出三维的生物分子面貌。由于电镜照相速度很快,可以观察到相隔一定时间生物分子面貌的变化。根据这些信息可以了解细胞内部原位上蛋白质复合体的结构及其相互作用,了解细胞内部各个位置是什么分子,它怎样发挥生物功能,从而在原子分辨率水平上描述细胞的生理过程,了解蛋白质分子的功能以及发生的生物化学反应。


对比上述三种测定细胞中蛋白质及其复合体结构的方法,可见:NMR局限在分子范围,即一个蛋白质分子的结构,由于它是在溶液中测定,所得结果和细胞内分子的状态相近。X射线衍射法测定蛋白质分子及其复合物的高分辨率结构,能细致地了解分子的构型、构象及周边的环境,但它需要获得纯净的晶体。冷冻电子显微技术可以观察到从分子到细胞的较低分辨率结构,涵盖范围大,可看到从反应开始各个阶段的形象,了解反应过程,应用范围广。


将上述三种方法结合在一起,可以获得细胞中生物大分子的分布以及不同时间细胞生理状态的变化。


9.2.4 化学合成生物学
1826年,德国化学家维勒(Wöhler,1800—1882)在实验室中从无机物人工合成了有机物——尿素,是有机化学发展过程中的一个大进展,打破了无机物和有机物的绝对界限,动摇了当时束缚人们思想的“生命力论”的基础。

时隔不到二百年,化学家在实验室中合成了自然界本不存在的生物体,它和其他生物体一样,可以繁殖、生长,出现了化学合成生物学。现在的合成水平还只限于对已经存在的微生物进行基因水平的改造,从而形成新的、改造过的地球上原不存在的生物体。虽然它和合成一个完整的生物体还有遥远的距离,但它让人们的认识提高了一大步,诞生了化学科学的新领域。化学合成生物学的产生和发展有两个方面的因素:

(1)从化学角度来理解这些自然界原本不存在的合成分子或多分子生物系统,可以通过化学的方法合成新的微生物物种,用以生产氢气和甲烷等气体能源或用来制造某些难以合成的药物或酶的新的微生物。

(2)从生物学的角度帮助人们解决大自然在进化中选择的途径和方式。例如通过了解组成我们生命的“少数”蛋白质为什么被选出来组成生物体,更好地理解生命的产生和进化,在分子水平上了解生物进化的规律。


未完待续......


END


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